Pada saat universiti ini dibina, UGM hanya memiliki enam buah bahagian pengajaran ("fakultas"), tetapi kini memiliki 18 buah fakulti dan satu program Pascasarjana (S-2 dan S-3). Universiti Gadjah Mada berlokasi di Kampus Bulaksumur Yogyakarta. Sebahagian besar fakulti ini dalam lingkungan Universiti Gadjah Mada terdiri daripada beberapa jurusan. Kegiatan Universiti Gadjah Mada diklasifikasikan dalam bentuk Tri Dharma Perguruan Tinggi yang terdiri atas Pendidikan dan Pengajaran, Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat.

Senarai Fakulti:

• Fakultas Biologi
• Fakultas Ekonomika dan Bisnis
• Fakultas Farmasi
• Fakultas Filsafat
• Fakultas Geografi
• Fakultas Hukum
• Fakultas Ilmu Budaya
• Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik
• Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan ("Sains Perubatan)
• Fakultas Kedokteran Gigi
• Fakultas Kedokteran Haiwan
• Fakultas Kehutanan
• Fakultas Matematika dan Sains
• Fakultas Pertanian
• Fakultas Perikanan
• Fakultas Peternakan
• Fakultas Psikologi
• Fakultas Teknik (mengkhusus kepada kejuruteraan atau "teknik")
• Fakultas Teknologi Pertanian
• Sekolah Vokasi
• Sekolah Pascasiswazah